ศูนย์วิทยาศาสตร์ฮาลาล จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย ได้กำหนดพันธกิจขององค์กรไว้ 4 ประการ
ประการที่ 1 คือ วิจัยและพัฒนานวัตกรรมทางวิทยาศาสตร์ และเทคโนโลยีฮาลาล เพื่อใช้ในการตรวจวิเคราะห์การปนเปื้อนสิ่งต้องห้ามทางศาสนาอิสลาม ตลอดจนงานการพัฒนาผลิตภัณฑ์ และบริการทางวิทยาศาสตร์เพื่อส่งเสริมงานฮาลาล ทั้งที่เป็นอาหาร สิ่งที่มิใช่อาหาร และงานบริการ
ประการที่ 2 คือ การบริการวิชาการด้านวิทยาศาสตร์ฮาลาลแก่ภาคส่วนต่างๆ เพื่อสนับสนุนการพัฒนาเศรษฐกิจ และสังคมของประเทศ เรียกได้ว่า เป็นศูนย์กลางของงานในด้านฮาลาลโดยเฉพาะ
ประการที่ 3 ร่วมมือและสนับสนุนงานด้านวิทยาศาสตร์ฮาลาล กับหน่วยงานทั้งใน และต่างประเทศ โดยการให้บริการแก่ภาคธุรกิจ และอุตสาหกรรม ในกิจกรรมที่เกี่ยวข้องกับการใช้กระบวนการทางวิทยาศาสตร์ เพื่อยกระดับมาตรฐานการผลิตอาหารฮาลาล และพันธกิจ
ประการที่ 4 คือ การทำงานอื่นตามที่ได้รับมอบหมาย
ปัจจุบันศูนย์วิทยาศาสตร์ฮาลาล จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย ให้บริการตรวจวิเคราะห์ผลิตภัณฑ์ฮาลาลแก่ภาคธุรกิจ องค์กรทางศาสนา และหน่วยงานอื่นๆ รวมถึงการสุ่มตัวอย่างผลิตภัณฑ์ในตลาด เพื่อทำการตรวจวิเคราะห์สิ่งปนเปื้อนที่ต้องห้ามตามหลักการศาสนาอิสลามเป็นระยะ เพื่อดูแลมาตรฐานการผลิต และคุ้มครองผู้บริโภค นอกจากนี้ยังมีการจัดฝึกอบรม แลกเปลี่ยน ถ่ายทอด เผยแพร่เทคโนโลยีการวิเคราะห์และข้อมูลต่าง ๆ เพื่อสนับสนุนงานวิทยาศาสตร์ฮาลาลระหว่างห้องปฏิบัติการวิทยาศาสตร์และสถาบันทางวิชาการทั้งในและนอกโครงข่าย ดำเนินงานด้านศูนย์บ่มเพราะวิสาหกิจผลิตภัณฑ์และบริการฮาลาลเพื่อบริการแก่วิสาหกิจขนาดกลางและขนาดย่อม โดยใช้วิทยาศาสตร์ฮาลาลเป็นส่วนหนึ่งในการดำเนินงาน และยังมีส่วนของงานอื่น ๆ ตามที่ได้รับมอบหมาย อาทิ งานพัฒนาทรัพยากรมนุษย์ในพื้นที่จังหวัดชายแดนภาคใต้ งานเลขานุการแผนงานความร่วมมือทางเศรษฐกิจสามฝ่าย (IMT-GT) งานสร้างเครือข่ายวิทยาศาสตร์ฮาลาลระดับนานาชาติ ฯลฯ เป็นต้น
ด้วยพันธกิจนานัปการที่เจ้าหน้าที่ศูนย์ทุกคนรวมใจกันเป็นหนึ่ง ภายใต้การนำของ รศ.ดร.วินัย ดะห์ลัน เพื่อผลักดันให้แต่ละพันธกิจและทุกภารกิจบรรลุเป้าหมาย ในอันที่จะก่อเกิดประโยชน์ต่อสังคม ประเทศชาติ และประชาคมโลกสืบไป
