ศูนย์วิทยาศาสตร์ฮาลาล จุฬาฯ เริ่มก่อร่างสร้างองค์กรในรูปแบบห้องปฏิบัติการวิทยาศาสตร์ขนาดเล็ก ในคณะสหเวชศาสตร์ จุฬาฯ ในปีพ.ศ. 2537 จวบจนต้นปี พ.ศ. 2538 จึงได้รับทุนสนับสนุนก้อนแรกจากมหาวิทยาลัย และจัดตั้งเป็น “ศูนย์วิจัยไขมันและน้ำมัน” ดำเนินงานพัฒนาด้านการตรวจสอบสิ่งปนเปื้อนในอาหารที่ต้องห้ามทางศาสนาอิสลาม เพื่อคุ้มครองผู้บริโภคมุสลิม จนกระทั่งเป็นที่รู้จักอย่างกว้างขวาง ลุล่วงในปี พ.ศ. 2545 รัฐบาลตระหนักถึงความสำคัญของการส่งออกผลิตภัณฑ์อาหาร จึงกำหนดนโยบาย “ครัวไทยสู่ครัวโลก” โดยเร่งพัฒนาด้านความปลอดภัยในอาหาร และมองไปถึงตลาดอาหารฮาลาล ซึ่งนับวันจะเพิ่มมูลค่ามหาศาลในตลาดโลก จึงเร่งผลักดันยกระดับการผลิตและการส่งออกอาหารฮาลาลให้เพิ่มขึ้น ยุทธศาสตร์เช่นว่านี้ สอดคล้อง และเอื้อโอกาสให้กับ“ศูนย์วิจัยไขมันและน้ำมัน” คณะสหเวชศาสตร์ จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย เหตุนี้จึงได้รับอนุมัติงบประมาณจากมติของคณะรัฐมนตรี ในวันที่ 13 สิงหาคม 2546 เพื่อดำเนินงานตามแผนการจัดตั้งศูนย์ข้อมูลและบริการทางวิทยาศาสตร์และห้องปฏิบัติการเพื่อส่งเสริมและพัฒนาอาหารฮาลาลพร้อมโครงข่าย ซึ่งมติคณะรัฐมนตรีครั้งนี้มีความสำคัญอย่างยิ่งต่อการกำเนิด “ศูนย์วิทยาศาสตร์ฮาลาล” ในเวลาต่อมากระทั่งกลายเป็นสถาบันด้านวิทยาศาสตร์ฮาลาลแห่งแรกในโลก
การกำเนิดของศูนย์วิทยาศาสตร์ฮาลาล แสดงให้เห็นถึงความเป็นจุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย ที่พร้อมจะส่งเสริมหน่วยงานอิสระในคณะวิชา และสถาบัน ให้สามารถพัฒนาขึ้นเป็นหน่วยงานในมหาวิทยาลัยในจังหวะและเวลาที่เหมาะสม “ศูนย์วิทยาศาสตร์ฮาลาล” กลายเป็นตัวอย่างอันแสดงถึงความสำเร็จของหน่วยงานที่พัฒนาจากล่างขึ้นบน เปลี่ยนสถานะจากห้องปฏิบัติการวิจัยเล็ก ๆ ของอาจารย์ จนกลายเป็นสถาบันด้านวิทยาศาสตร์ภายในมหาวิทยาลัยชั้นนำของประเทศไทยอย่างเต็มภาคภูมิ
ประสบการณ์จากอดีตของศูนย์วิทยาศาสตร์ฮาลาล เป็นเรื่องราวอันทรงคุณค่า หากได้ศึกษาอย่างรอบด้านย่อมเป็นบทเรียนที่ล้ำค่าต่อการดำรงคงอยู่ในปัจจุบัน และโยงใยในการกำหนดทิศทางของก้าวต่อไปในอนาคต
และแน่นอนที่สุดเรื่องราวความเป็นมาของศูนย์วิทยาศาสตร์ฮาลาลตลอด 14 ปีที่ผ่านมา มิได้รังสรรค์แต่เพียงคุณค่าและคุณประโยชน์ต่ออดีตและปัจจุบันเท่านั้น แต่ยังช่วยต่อเติมความฝัน สร้างแรงบันดาลใจให้กับเยาวชน บุคคลทั่วไป และหน่วยงานอื่น ๆ ทั้งภายในจุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย และต่อสังคมภายนอกด้วยเช่นกัน