นายอารีเพ็ญ อุตรสินธุ์ ในฐานะผู้ช่วยเลขานุการรัฐมนตรีว่าการกระทรวงมหาดไทย และ ส.ส. จังหวัดนราธิวาส ได้เดินทางลงไปในพื้นที่แล้ว นายวิเชียร อัสมาแอ (เปาะติ) สมาชิกสภาจังหวัดนราธิวาส เขตอำเภอยี่งอ ได้นำตัวพ่อแม่ญาติๆนายโต๊ะกูเฮงฯ ผู้นำท้องถิ่น ผู้นำศาสนา พร้อมเพื่อนบ้านในหมู่บ้าน ไปพบนายอารีเพ็ญฯ และได้เล่าข้อเท็จจริงยืนยันความบริสุทธิ์ของนายโต๊ะกูเฮงฯว่า ขณะเกิดเหตุลอบวางเพลิงโรงเรียนบ้านกูยินั้น นายโต๊ะกูเฮงฯเพิ่งกลับจากประเทศมาเลเซียเมื่อวันที่ 5 สิงหาคม 2536 เพื่อจะหาคนงานจากจังหวัดนราธิวาสไปทำงานที่ร้านอาหารในกรุงกัวลาลัมเปอร์ ขณะเกิดเหตุเผาโรงเรียนนายโต๊ะกูเฮงฯ มิได้อยู่ในประเทศไทย นายอารีเพ็ญฯ ได้ไปตรวจสถานที่เกิดเหตุโรงเรียนบ้านกูยิ ตำบลตะปอเยาะ อำเภอยี่งอสอบถามจากบุคคลอื่นๆ และตรวจจากหลักฐานการเข้ามายังประเทศไทยทางด่านตรวจคนเข้าเมืองอำเภอตากใบแล้ว ปรากฎว่ามีหลักฐานตามที่พยานบุคคลกล่าวอ้างว่านายโต๊ะกูเฮงฯเข้ามาประเทศไทยตามวันเวลาดังกล่าวจริง
ดังนั้นนายอารีเพ็ญฯ จึงได้เดินทางขึ้นกรุงเทพฯไปพบท่านเด่นฯที่กระทรวงมหาดไทยและได้เรียนข้อมูลข้อเท็จจริงเกี่ยวกับนายโต๊ะกูเฮงฯให้ท่านเด่นฯและพล.อ. ชวลิต ยงใจยุทธ รัฐมนตรีว่าการกระทรวงมหาดไทยทราบ และขออนุญาตแถลงต่อสื่อมวลชนว่า “ เจ้าหน้าที่ตำรวจจับตัวนายโต๊ะกูเฮงฯนั้น เป็นการจับแพะ” ซึ่งผู้ใหญ่ทั้งสองท่านเห็นด้วย
วันรุ่งขึ้นนายอารีเพ็ญฯได้แถลงต่อสื่อมวลชนที่กระทรวงมหาดไทยว่า “จากการที่ได้รับรายงานไปตรวจสอบข้อเท็จจริงโดยได้สัมผัสกับประชาชน ผู้นำศาสนา ผู้นำท้องถิ่นในพื้นที่แล้ว ต่างก็ยืนยันว่า นายโต๊ะกูเฮงฯเป็นแพะ เพราะได้มีการสอบถามไปยังทางกัวลาลัมเปอร์ที่รู้จักมักคุ้นกับนายโต๊ะกูเฮงฯแล้ว ยืนยันว่าตามวันเวลาเกิดเหตุการณ์เผาโรงเรียนนั้น เขาอยู่กัวลาลัมเปอร์ ประเทศมาเลเซีย เข้าประเทศไทยเมื่อวันที่ 5 สิงหาคม 2536 มีพยานหลักฐานชัดเจน คือ มีหนังสือเดินทางเข้าประเทศไทยทางด่านตรวจคนเข้าเมืองตากใบ จังหวัดนราธิวาส เรื่องนี้ทางเจ้าหน้าที่ตำรวจต้องใช้ความรอบคอบ หากจับผิดคนจะทำให้ประชาชนขาดความเชื่อมั่นต่อเจ้าหน้าที่ของรัฐ อีกทั้งยังทำให้เกิดความหวาดระแวงว่าจะมีการจับคนไม่ผิดอีก ผมเห็นด้วยที่ทางเจ้าเจ้าหน้าที่ตำรวจจะใช้ความเด็ดขาดกับ ขจก. แต่ไม่ใช่ทำแบบเหวี่ยงแห เพราะจะก่อให้เกิดปัญหาอย่างที่แล้วๆ มาในอดีต”
อย่างไรก็ตาม พล.อ. ชวลิตฯในฐานะกำกับดูแลกระทรวงมหาดไทยมีหน้าที่ต้องบำบัดทุกข์ บำรุงสุข ให้กับพี่น้องประชาชนในประเทศไทย ได้ให้สัมภาษณ์ผู้สื่ข่าวอีกว่า ท่านไม่นิ่งดูดาย หลังจากได้รับข้อมูลจากนาย อารีเพ็ญฯแล้ว ยังได้เรียกผู้นำท้องถิ่นและผู้นำศาสนามาสอบถามอีกด้วย เพราะจากการที่ได้ฟังการบรรยายสรุปจากข้าราชการแล้ว รู้สึกว่ายังมีจุดอ่อนอีกมาก อีกสักระยะน่าจะชัดเจนกว่านี้ ยังพูดอะไรมากไม่ได้ เพราะเป็นเรื่องละเอียดอ่อน แต่ในฐานะท่านดูแลเรื่องนี้ ก็ต้องทำอย่างตรงไปตรงมา
ผู้สื่อข่าวถามว่า นายอารีเพ็ญ อุตรสินธุ์ เลขานุการรัฐมนตรีเด่น โต๊ะมีนา ซึ่งอยู่พรรคเดียวกันกับท่าน ยืนยันว่าการจับกุมนาย โต๊ะกูเฮงฯเป็นแพะ พล.อ. ชวลิตฯกล่าวว่า ความจริงเรื่องนี้ไม่ได้จับกุม แต่เชิญมากินข้าว “ผมไม่ทราบว่าเขาจับกุมกันเมื่อไหร่ เพราะผมยังไม่ได้รับรายงาน อย่างไรก็ตาม ผมจะดูแลเรื่องนี้ให้เกิดความบริสุทธิ์ยุติธรรม จะไปจับแพะไม่ได้ และรู้ด้วยว่าจะถามรายละเอียดเรื่องนี้อย่างไร เป็นยังไง เพราะฉะนั้นขอย้ำความบริสุทธิ์ยุติธรรมมีแน่ ไม่ต้องห่วง ผู้สื่อข่าวถามต่อว่า คิดว่านายโต๊ะกูเฮงฯไม่ใช่แพะหรือไม่ พล.อ. ชวลิตฯตอบว่า ตนไม่คิดเช่นนั้น เพราะเป็นการเรียกมาคุยกัน เพื่ออยากถามว่ารู้อะไรบ้าง และไม่ได้บอกว่าโต๊ะกูเฮงฯเป็นคนลอบวางเพลิง ผู้สื่อข่าวบอกว่า พล.ต.อ. สวัสดิ์ อมรวิวัฒน์ อธิบดีกรมตำรวจ บอกว่าได้แจ้งข้อหาแล้ว พล.อ. ชวลิตฯกล่าวว่า ไม่ทราบ เรื่องนี้ต้องรายงานให้ตนทราบ การแก้ไขปัญหาภาคใต้ไม่ได้แก้ไขเพียงวิธีเดียว ยังมีอีกหลายอย่าง ส่วนที่นายอารีเพ็ญ อุตรสินธุ์ ในฐานะที่เป็นผู้ช่วยเลขานุการรัฐมนตรีว่าการกระทรวงมหาดไทย ออกให้สัมภาษณ์ผู้สื่อข่าวว่า ตำรวจจับตัวนายโต๊ะกูเฮงเป็นการจับแพะเป็นการแสดงที่ไม่เหมาะสมในฐานะอยู่ซีกฝ่ายบริหารนั้น พล.อ. ชวลิตฯ ยังให้กำลังใจแก่นาย อารีเพ็ญฯว่า สามารถแสดงความคิดเห็นที่สวนทางกับคำวินิจฉัยของเจ้าหน้าที่ตำรวจได้ ในฐานะอีกสถานะหนึ่งคือ การเป็นสมาชิกสภาผู้แทนราษฎรของจังหวัดนราธิวาส
แต่ในระหว่างที่เจ้าหน้าที่ตำรวจคุมตัวและสอบสวนนายโต๊ะกูเฮงอยู่นั้น เมื่อวันที่ 22 สิงหาคม 2536 เวลา 05.50 น. ได้มีกลุ่มชายฉกรรจ์ประมาณ 20 คน แต่งกายชุดเขียวมีอาวุธปืนยิงเร็วนานาชนิดพากันกรูออกจากป่าสวนยางทั้งสองฟากทางรถไฟยิงถล่มใส่ขบวนรถไฟที่ 45 สายกรุงเทพฯ-สุไหงโกลก ที่กำลังวิ่งแล่นระหว่างสถานีมะรือโบกะแด๊ะ พื้นที่อำเภอระแงะ รอยต่อกับอำเภอรือเสาะ จังหวัดนราธิวาส อย่างหูดับตับไหม้ กระสุนปืนเจาะเข้าหน้าผาก พขร. ชื่อนายลิขิต โยธาทิพย์ และที่ใต้ข้อศอกขวาอีกหนึ่งนัด เป็นเหตุให้นายลิขิตฯถึงฟุบคาคันบังคับความเร็วรถไฟ และเมื่อรู้ว่าถูกกลุ่มคนร้ายดักซุ่มโจมตี นายลิขิตฯซึ่งยังมีสติอยู่ได้พยายามแข็งใจเร่งความเร็วหัวรถจักรจนถึงสถานีรถไฟตันหยงมัส อำเภอระแงะ อย่างทุลักทุเล
ภายหลังเกิดเหตุการณ์ยิงถล่มรถไฟ เจ้าหน้าที่ตำรวจได้ตรวจสอบพบว่ามีผู้เสียชีวิตหนึ่งคนและบาดเจ็บทั้งสาหัสและไม่สาหัสจำนวน 8 คน ผู้ที่เสียชีวิตชื่อนางสาวโสภา เจ๊ะอาลี นักศึกษามหาวิทยาลัยรามคำแหง ลูกสาวของภารโรงสำนักงานคณะกรรมการอิสลามประจำจังหวัดนราธิวาส อยู่บ้านเลขที่ 2 ถนนพนาสนฑ์ ตำบลบางนาค อำเภอเมือง จังหวัดนราธิวาส ใกล้ๆบ้านพักของนาย อารีเพ็ญ อุตรสินธุ์ สมาชิกสภาผู้แทนราษฎร จังหวัดนราธิวาส
เหตุการณ์ยิงขบวนรถไฟสายกรุงเทพฯ-สุไหงโกลก ครั้งนี้เป็นข่าวใหญ่เต็มหน้าหนึ่งของหนังสือพิมพ์ทุกฉบับ เพราะเหตุการณ์ลอบวางเพลิงโรงเรียนในจังหวัดชายแดนภาคใต้จำนวน 36 โรงยังไม่หายสร่างซาจากความตระหนกตกใจของประชาชนเท่าใดนัก คนร้ายลอบวางเพลิงโรงเรียนยังอยู่ในระหว่างการสืบสวนของเจ้าหน้าที่ตำรวจ พลันเหตุการณ์ร้ายแรงเกิดขึ้นเป็นซ้ำสองแบบความวัวยังไม่ทันหาย ความควายเข้ามาแทรก ในระยะเวลาที่ไม่ห่างนัก รัฐบาลโดยนายชวน หลีกภัย นายกรัฐมนตรี และพล.อ.ชวลิต ยงใจยุทธ รัฐมนตรีว่าการกระทรวงมหาดไทย ต่างสั่งการให้หน่วยงานที่เกี่ยวข้องกับด้านความมั่นคง ให้รายงานผลคืบหน้าทางคดีเป็นระยะๆ อย่างใจจดใจจ่อ เพราะรัฐบาลถือว่าเป็นเหตการณ์ที่ไม่ปกติและสร้างความสับสนในทางการข่าวที่รายงานไม่ค่อยตรงกันของสายข่าวแต่ละ หน่วยงาน
พล.ท. กิตติ รัตนฉายา แม่ทัพกองทัพภาคที่ 4 เปิดเผยแก่ผู้สื่อข่าวว่า เหตุการณ์ยิงถล่มรถไฟครั้งนี้ ตนได้รับรายงานว่าเป็นฝีมือของกลุ่มขบวนการโจรก่อการร้ายของนาย หะยีดาโอ๊ะ ท่าน้ำ หลังเกิดเหตุเจ้าหน้าที่พบผ้าขาวแขวนไว้ที่ต้นยาง ณ จุดที่คนร้ายซุ่มยิง มีรูปของพล.อ.ชวลิตฯติดอยู่บนผืนผ้าและชื่อนายชวน หลีกภัย เขียนบนผืนผ้า นอกนั้นยังพบแผ่นใบปลิวหลายแผ่นมีข้อความทำนองปลุกระดมมวลชนต่อสู้เพื่อแบ่งแยกดินแดนจังหวัดชายแดนภาคใต้ให้พ้นจากเงื้อมมือของรัฐไทย
ในฐานะที่นายอารีเพ็ญ อุตรสินธุ์ เป็นส.ส.ในเขตพื้นที่เกิดเหตุและเป็นผู้ช่วยเลขานุการรัฐมนตรีว่าการกระทรวงมหาดไทย ได้รับมอบหมายจาก พล.อ. ชวลิตฯ ให้สืบให้รู้ข้อเท็จจริงว่าเป็นฝีมือการกระทำของฝ่ายใหน กันแน่ เพราะตามข่าวที่ซุบซิบตามย่านร้านกาแฟต่างๆ ในพื้นที่มีการปล่อยข่าวว่าเป็นฝีมือการกระทำของทหารพรานเพื่อต้องการสร้างสถานการณ์เขย่าขวัญรัฐบาลและเก้าอี้รัฐมนตรีช่วยว่าการกระทรวงมหาดไทย (นายเด่น โต๊ะมีนา) ซึ่งประชาชนส่วนใหญ่ในพื้นที่มักคล้อยตามเชื่อในข่าวที่พูดคุยกันจากปากต่อปากขยายวงไปอย่างแพร่หลายภายในเวลาไม่นานวัน ดังนั้นวันรุ่งขึ้นหลังเกิดเหตุหนึ่งวัน นายอารีเพ็ญฯได้เดินทางกลับนราธิวาส และได้เรียกหัวคะแนนที่อยู่ในละแวกหมู่บ้านใกล้ที่เกิดเหตุ สอบถามหัวคะแนนอย่างละเอียด ได้ความ ว่า เป็นฝีมือการกระทำของนายหะยีสะมะแอ กำปงปาเระ บุคคลในตำบลมะรือโบตก ที่ได้หลบหนีออกจากหมู่บ้านไปหลายปีแล้ว ไปสังกัดอยู่ในสมาชิกขบวนการพูโล ลงจากเขาใกล้หมู่บ้านที่เกิดเหตุมาประมาณสองวันก่อนเกิดเหตุแล้ว ไม่ทราบว่าลงมาเพื่อจะก่อเหตุการณ์อะไร แต่ไม่กล้าที่จะแจ้งต่อเจ้าหน้าที่บ้านเมือง เพราะเกรงความไม่ปลอดภัยในชีวิตและทรัพย์สินที่จะเกิดขึ้นกับตนเอง
ส่วนคดีลอบวางเพลิงโรงเรียน 36 แห่งนั้น ทางเจ้าหน้าที่ตำรวจได้สรุปสำนวนสั่งฟ้องดำเนินคดีกับผู้ต้องหาที่กรุงเทพฯรวม 4 คน ได้แก่ นายกูเฮง กอตอนีลอ นายดอฮะ เจ๊ะหามะ นายสะมะแอ เจ๊ะสะนิ และนายหมัดรูดิง เจ๊ะโว๊ะ นอกนั้นยังได้ดำเนินคดีที่ศาลจังหวัดปัตตานีด้วย
ชมรมทนายความมุสลิมได้ออกแถลงการณ์ เพื่อป้องกันมิให้เจ้าหน้าที่ตำรวจจับผู้ต้องหาโดยขาดพยานหลักฐานและเกรงว่าจะจับในลักษณะเหวี่ยงแห จึงได้ร่วมกันออกแถลงการณ์ต่อสื่อมวลชนที่โรงแรมรัตนโกสินทร์ ประกาศตัวอย่างชัดแจ้งว่า ยินดีรับว่าความแก้ต่างให้กับผู้ต้องหาทั้ง 4 คน ที่ต้องถูกดำเนินคดีข้อหาลอบวางเพลิงโรงเรียนและผู้ต้องหาที่ถูกดำเนินคดีฐานความผิดด้านความมั่นคงที่ไม่ได้รับความเป็นธรรมจากเจ้าหน้าที่รัฐทุกๆ คดี ดังปรากฎตามคำแถลงการณ์ลงวันที่ 24 กันยายน 2536 มีข้อความดังต่อไปนี้
อดีต รมช.กระทรวงศึกษาธิการ, สมาชิกสภาผู้แทนราษฎรหลายสมัยของจังหวัดนราธิวาส, ปริญญาตรี สาขานิติศาสตร์ และปริญญาโทสาขาบริหารรัฐกิจ จากมหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์