สถานการณ์ความไม่สงบในจังหวัดชายแดนภาคใต้ ท่ามกลางความสับสนอลหม่านทางการเมืองและข่าวกรองของหน่วยงานราชการที่ไม่ประสานเสียงไปในทิศทางเดียวกัน มักได้ข้อมูลและข้อเท็จจริงที่ไม่ค่อยตรงกันเท่าใดนัก สร้างความอึดอัดใจในในการบริหารราชการแผ่นดินในคณะรัฐบาลยุคนายชวน หลีกภัย เป็นนายกรัฐมนตรี เพราะความหวาดระแวงในตัวรัฐมนตรีช่วยว่าการกระทรวงมหาดไทยนายเด่น โต๊ะมีนา ทายาทมัรฮุมหะยีสุหลง อับดุลกาเดร์ จำเลยคดีกบฎแบ่งแยกดินแดนที่ถูกอุ้มหายตัวไปอย่างสาบสูญด้วยฝีมือของตำรวจไทยยุคอัศวินผยอง
แม้จะมีเหตุการณ์ร้ายแรงเกิดขึ้นในระหว่างการบริหารราชการแผ่นดินของนายเด่น โต๊ะมีนา ในฐานะรัฐมนตรีช่วยว่าการกระทรวงมหาดไทยในช่วงเวลา 2 ปีที่อยู่ในตำแหน่ง นายเด่นฯ ก็ไม่ย่อท้อหมดกำลังใจแต่อย่างใด ภารกิจเยี่ยมเยียนดูแลทุกข์สุขของชาวบ้าน ไม่เพียงเฉพาะทุ่มเทให้กับจังหวัดชายแดนภาคใต้เท่านั้น ยังขยันขันแข็งเยี่ยมเยี่ยนประชาชนถึงภาคกลาง ภาคเหนือ และภาคอีสาน การเยี่ยมเยียนประชาชนตามภาคต่างๆ ทำให้ชาวไทยมุสลิม ซึ่งเป็นชนกลุ่มน้อยในจังหวัดนั้น ได้ใกล้ชิดชนชั้นปกครองระดับจังหวัดมากขึ้น เพราะทุกจังหวัดที่ท่านเด่น โต๊ะมีนา รัฐมนตรีช่วยว่าการกระทรวงมหาดไทยไปปฏิบัติราชการนั้น ทางผู้ช่วยเลขานุการรัฐมนตรีว่าการกระทรวงมหาดไทย ได้สั่งคำชับให้ทางผู้ว่าราชการจังหวัดจัดเตรียมอาหารมุสลิมและสถานที่ละหมาดทุกครั้ง จึงทำให้ทางจังหวัดได้ประสานขอความร่วมมือไปยังสำนักงานคณะกรรมการอิสลามในจังหวัดนั้นๆจัดเตรียมการไว้รองรับเป็นอย่างดีและมีความสนิทสนมคุ้นเคยในเวลาต่อมา นอกจากนั้นยังได้แก้ไขปัญหาความไม่เข้าใจในสิทธิเสรีภาพในการนับถือศาสนาตามรัฐธรรมนูญของฝ่ายปกครองในกระทรวงมหาดไทย เช่น การแก้ไขเปลี่ยนชื่อของคนไทยที่นับถือศาสนาอิสลามต้องการแก้ไขเปลี่ยนชื่อจากชื่อเดิมไปเป็นชื่อในทางศาสนาอิสลามไม่ได้ นอกจากต้องเปลี่ยนเป็นชื่อในภาษาไทยเท่านั้น หรือ การถ่ายทำบัตรประชาชนของสตรีมุสลิมจะต้องถอดฮิญาบหรือผู้ชายผู้นำศาสนาอิสลามจะต้องไม่สวมหมวกกะปิเยาะ จึงจะถ่ายรูปทำบัตรประชาชนได้ ซึ่งทั้งสองเรื่องนี้เป็นปัญหาคาราคาซังมาเป็นเวลาช้านาน จนก่อให้เกิดการกระทบกระทั่งระหว่างประชาชนชาวไทย ผู้นับถือศาสนาอิสลามกับเจ้าหน้าที่รัฐอยู่เนืองนิจ และได้รับการแก้ไขสร้างความเข้าใจอันดีระหว่างประชาชนกับเจ้าหน้ารัฐได้ในช่วงที่ท่านเด่น โต๊ะมีนา ดำรงตำแหน่งรัฐมนตรีช่วยว่าการกระทรวงมหาดไทย
เนื่องจากท่านเด่นฯให้สัญญาภายในกลุ่มวะห์ดะห์ว่า จะขอดำรงตำแหน่งรัฐมนตรีช่วยว่าการกระทรวงมหาดไทยเพียง 2 ปี เท่านั้น แล้วจะสับเปลี่ยนให้ ส.ส.ในกลุ่มวะห์ดะห์ที่อาวุโสถัดไปขึ้นรับตำแหน่งแทน ซึ่งในขณะนั้นได้แก่ท่านวันมูหะมัดนอร์ มะทา รองประธานสภาผู้แทนราษฎรคนที่ 1 ที่มีบทบาทโดดเด่นและได้รับการยอมรับของสภาผู้แทนราษฎรในการปฏิบัติหน้าที่ประธานในที่ประชุมทุกครั้ง โดยท่านเด่นฯได้ลาออกจากตำแหน่งรัฐมนตรีช่วยว่าการกระทรวงมหาดไทยในวันที่ 25 ตุลาคม 2537 นับเวลาการดำรงตำแหน่งของท่านเด่นฯ 2 ปี 1 เดือน 26 วัน
ท่านวันมูหะมัดนอร์ ฯ ได้ลาออกจากตำแหน่งรองประธานสภาผู้แทนราษฎร คนที่ 1 เมื่อวันที่ 25 ตุลาคม 2537 และในวันเดียวกันได้รับการโปรดเกล้าฯ ดำรงตำแหน่งรัฐมนตรีช่วยว่าการกระทรวงมหาดไทย และท่านวันมูหะมัดนอร์ฯได้เลือก นายมุข สุไลมาน สมาชิกสภาผู้แทนราษฎร จังหวัดปัตตานี สมัยที่ 2 เป็นผู้ช่วยเลขานุการรัฐมนตรีว่าการกระทรวงมหาดไทย ส่วนนายอารีเพ็ญ อุตรสินธุ์ เป็นรองเลขาธิการนายกรัฐมนตรี ทำหน้าที่ช่วยงานรองนายกรัฐมนตรี (นายสุขวิช รังสิตพล) ท่านวันมูหะมัดนอร์ฯ ได้เข้าบริหารหน่วยงานกรมกองที่กำกับดูแลในกระทรวงมหาดไทยเพียง 1 เดือน 15 วัน จึงได้ลาออกจากตำแหน่งเมื่อวันที่ 11 ธันวาคม 2537 เนื่องจากเกิดวิกฤตในรัฐบาลชวน 1 ปัญหาการออกเอกสารสิทธิ์ สปก. 4-01 ให้กับนายทุนที่ไม่ใช่เกษตรกร ทำให้พรรคพลังธรรมและพรรคความหวังใหม่ได้ถอนตัวจากการร่วมรัฐบาล นายชวน หลีกภัย จึงได้ยุบสภาผู้แทนราษฎรเมื่อวันที่ 19 พฤษภาคม 2538 และประกาศ พระราชกฤษฎีกาเลือกตั้งทั่วไปสมาชิกสภาผู้แทนราษฎร วันที่ 2 กรกฎาคม 2538
การเลือกตั้งครั้งนี้ เกิดพลิกล็อกทางการเมืองในจังหวัดปัตตานีบุคคลสำคัญหัวหน้ากลุ่มวะห์ดะห์ ท่านเด่น โต๊ะมีนา อดีตรัฐมนตรีช่วยว่าการกระทรวงสาธารณะสุขและช่วยว่าการกระทรวงมหาดไทย และอดีต ส.ส. หลายสมัยพ่ายแพ้เลือกตั้งในจังหวัดปัตตานี เขต 1 อย่างพลิกความคาดหมาย คนที่ได้รับการเลือกตั้งเป็นคนรุ่นใหม่ของพรรคประชาธิปัตย์แทนที่ท่านเด่นฯ คือ นายมะรีเป็ง จะปะกียา (มูฮำหมัดอารีฟีน จะปะกียา) จนได้รับสมญานามว่า แจ็คผู้ฆ่ายักษ์ และอีกท่านหนึ่งของพรรคประชาธิปัตย์ คือ อดีต ส.ส. นายไวโรจน์ พิพิธภักดี ส่วนเขต 2 จังหวัดปัตตานี นายมุข สุไลมาน พรรคความหวังใหม่ และ พ.ต.ท. เจ๊ะอิสมะแอ เจ๊ะโมง พรรคประชาธิปัตย์ จังหวัดยะลา ก็เกิดพลิกล็อกทางการเมืองเช่นกัน นายไพศาล ยิ่งสมาน อดีต ส.ส. จังหวัดยะลา พ่ายแพ้การเลือกตั้ง แต่ได้นายบูราฮานุดดีน อุเซ็ง พรรคความหวังใหม่ ปลัดอำเภอหนุ่มชาวบันนังสะตาร์เข้ามาแทน อีก 2 ท่าน คือ นายวันมูหะมัดนอร์ มะทา พรรคความหวังใหม่ และ นายประเสริฐ พงษ์สุวรรณศิริ พรรคประชาธิปัตย์ ส่วนจังหวัดนราธิวาส เขต 1 ได้แก่ นายอารีเพ็ญ อุตรสินธุ์ พรรคความหวังใหม่ แพทย์หญิงพรพิชญ์ พัฒนกุลเลิศ พึ่งธรรมเดช พรรคประชาธิปัตย์ เขต 2 ได้แก่ นายสุรเชษฐ์ แวอาแซ และ นายรำลี มามะ พรรคประชาธิปัตย์
สำหรับความพ่ายแพ้ของท่านเด่นฯที่พลิกความคาดหมายนั้น ไม่ใช่เป็นการพ่ายแพ้อย่างปกติธรรมดา แต่เป็นการพ่ายแพ้ที่เกิดจากการเตรียมการวางแผนอย่างแนบเนียนของข้าราชการผู้ใหญ่ภายในจังหวัดที่มีความขัดแย้งกับท่านเด่นฯในการทำงานในพื้นที่ ได้ใช้อำนาจทางการปกครองสั่งการอย่างลับๆ ให้กลไกของหน่วยราชการปกครองร่วมกับผู้นำศาสนาอิสลามที่อยู่ฝ่ายตรงข้ามกับท่านเด่นฯในคณะกรรมการอิสลามประจำจังหวัดปัตตานีและกลุ่มผู้นำท้องถิ่นอิทธิพลที่เป็นไม้เบื่อไม้เมากับท่านเด่นฯมาตลอด ได้สนธิกำลังกันวางแผนโค่นล้มท่านเด่นฯได้ตามความมุ่งหมาย
ส่วนผลการเลือกตั้งทั้งประเทศ พรรคชาติไทยนำโดยนายบรรหาร ศิลปอาชา ได้ ส.ส. มาอันดับที่ 1 นำพรรคประชาธิปัตย์ เพียง 2 ที่นั่ง สามารถรวบรวมพรรคการเมืองต่างๆจัดตั้งรัฐบาล มีพรรคชาติไทย พรรคความหวังใหม่ พรรคกิจสังคม พรรคประชากรไทย พรรคพลังธรรม พรรคนำไทย และ พรรคมวลชน โดย นายบรรหาร ศิลปอาชา ได้รับพระบรมราชโองการโปรดเกล้าฯ แต่งตั้งเป็นนายกรัฐมนตรีเมื่อวันที่ 13 กรกฎาคม 2538 และ นายบรรหาร ศิลปอาชา นายกรัฐมนตรี ได้นำทูลเกล้าฯถวายคณะรัฐมนตรีและได้มีพระบรมราชโองการโปรดเกล้าแต่งตั้งคณณะรัฐมนตรีวันที่ 18 กรกฎาคม 2538
ในคณะรัฐมนตรีชุดนี้ แกนนำกลุ่มวะห์ดะห์ ท่านวันมูหะมัดนอร์ มะทา อดีตรองประธานสภาผู้แทนราษฎร ที่สร้างผลงานดีเด่นในการปฏิบัติหน้าที่ในการทำหน้าที่ประธานในที่ประชุมสภา มีผลทำให้พรรคความหวังใหม่ได้รับความนิยมจากประชาชนมากขึ้น พล.อ. ชวลิต ยงใจยุทธ จึงมอบตำแหน่งรัฐมนตรีว่าการกระทรวงคมนาคมในโควต้าของพรรคความหวังใหม่แก่ ท่านวันมูหะมัดนอร์ มะทา เพื่อให้ทำหน้าที่ด้วยความซื่อสัตย์สุจริตสร้างผลงานให้กับพรรคต่อไป
เนื่องจากกระทรวงคมนาคมเป็น กระทรวงเกรด A มีงบประมาณในการก่อสร้างมากมาย เป็นกระทรวงที่นักการเมืองมักอยากได้มาเป็นเจ้ากระทรวงทุกๆ รัฐบาล และตำแหน่งรัฐมนตรีของกระทรวงนี้มักตกได้แก่บุคคลสำคัญของพรรคหรือบุคคลที่ลงทุนฐานะการเงินให้กับพรรค จู่ๆ เมื่อประกาศชื่อคณะรัฐมนตรีแล้ว ปรากฎมีชื่อนักการเมืองบ้านนอกในจังหวัดชายแดนภาคใต้ แถมในอดีตมีตำแหน่งหน้าที่ด้านการศึกษา ไม่ใช่นายทุนสำคัญของพรรค สร้างความงวยงงแปลกใจแก่บรรดาสื่อสารมวลชนและคอการเมืองต่างๆ ไม่เว้นเจ้าตัวท่านวันมูหะมัดนอร์ฯเอง จึงได้ถาม พล.อ. ชวลิต ยงใจยุทธ หัวหน้าพรรค เหตุผลใดที่มอบหมายตำแหน่งสำคัญนี้ให้กับตน พล.อ. ชวลิตฯตอบว่า “เพราะคุณเป็นคนซื่อสัตย์เป็นคนดี จึงเหมาะกับตำแหน่งรัฐมนตรีว่ากระทรวงคมนาคม”
ท่านวันมูหะมัดนอร์ มะทา ได้แต่งตั้งนายอารีเพ็ญ อุตรสิธุ์ ส.ส. นราธิวาส 5 สมัย เป็นเลขานุการรัฐมนตรีว่าการกระทรวงคมนาคมและนายอนันต์ ฉายแสง อดีต ส.ส. จังหวัดฉะเชิงเทราและอดีตรัฐมนตรีช่วยว่าการกระทรวงคมนาคม เป็นที่ปรึกษารัฐมนตรีว่าการกระทรวงคมนาคม ซึ่งท่านอนันต์ ฉายแสง เป็นบุคคลที่ใกล้ชิดสนิทสนมเป็นอย่างดีกับกลุ่มวะห์ดะห์ มีความรู้ ความสามารถและมีประสบการณ์ในการทำงานในกระทรวงนี้มาก่อน เป็นที่เชื่อถือของท่านวันมูหะมัดนอร์ฯที่จะให้คำปรึกษาในทางที่เป็นประโยชน์ทางด้านการบริหารภายในกระทรวงได้
เมื่อท่านวันมูหะมัดนอร์ฯ ได้เข้าไปทำงานในกระทรวงคมนาคมแล้ว จึงได้แบ่งหน่วยงานต่างๆ ที่อยู่ภายใต้การกำกับดูแลของเจ้ากระทรวงให้แก่รัฐมนตรีช่วยว่าการกระทรวงอีก 4 ท่าน ได้แก่ นายสมบัติ อุทัยสาง (อิสระ) นายพีรพงศ์ ถนอมพงษ์พันธ์ (พลังธรรม) นายสมศักดิ์ เทพสุทิน (กิจสังคม) และ นายชัยภักดิ์ ศิริวัฒน์ (ประชากรไทย)
อดีต รมช.กระทรวงศึกษาธิการ, สมาชิกสภาผู้แทนราษฎรหลายสมัยของจังหวัดนราธิวาส, ปริญญาตรี สาขานิติศาสตร์ และปริญญาโทสาขาบริหารรัฐกิจ จากมหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์
